Mazda 323 serii BJ była ostatnią serią o tym oznaczeniu japońskiego producenta. 323F BJ przeszła 3 liftingi na przełomie 1999/2000 roku wnętrza oraz 2 liftingi zewnętrzne i wewnętrzne na przełomie 2000/2001 roku oraz w czerwcu 2002 roku.

Lifitng z przełomu 1999/2000 roku wniósł nowe koło kierownicy, zmianę liczników na te z Mazdy 626(Premacy) oraz nowych odmianach tapicerek. Opcjonalnie można było zamówić wersję Sport(GT) dla modelu z silnikiem 1.8 FP (114PS). Wersja ta charakteryzowała się trójramienną skórzaną kierownicą NARDI-TORINO, skórzaną gałką zmiany biegów, alufelgami z logo Mazdy, białymi tarczami zegarów, komputerem pokładowym, tapicerką (UWAGA!!! były 2 odmiany: czarna lub 3-kolorowa grafitowo-czarna ze srebrnymi wstawkami na bokach siedzisk.) W serii pojawił się tylny spoiler, który dotychczas do roku 1999 był montowany opcjonalnie.

Kolejny lifting z przełomu 2000/2001 roku odświeżył model "323" z zewnętrz jak i również wewnątrz. Model zyskał nowy przód z reflektorami z gładkiego klosza, powiększonym logo Mazdy wraz z charakterystyczną listwą nad logiem czy też przetłoczeniami na masce silnika. Zrezygnowano z czarnych bocznych listew ochronnych na przednim i tylnym zderzaku. Tył nie został poddany modernizacji. Pojawiły się 3 nowe wersje wyposażenia Comfort (1.4 benz 73PS, 1.6 benz 98PS, 2.0 DiTD 101PS, Exclusive (1.6 benz 98PS - wersja ta głównie występowała w nadwoziu typu sedan, szczególnie widać to po sprowadzanych autach z Austrii, Szwajcarii czy też Niemczech) i Sportive (1.6 benz 98PS i 2.0 Sportive 131PS UWAGA !!! niektóre modele 2.0 DITD (diesel) również oferowane były z tą wersją (rynek austriacki, szwajcarski, niemiecki).
Wnętrze również zostało poddane modernizacji. Tapicerka zyskala jaśniejszy wygląd (szare- popielate odcienie), 2-kolorowa deska rozdzielcza (model Comfort i Exclusive) w Sportive (jeden stnowany odcień - czarny )

W roku 2002 (czerwiec) na 1,5 roku przed końcem produkcji a tym samym wprowadzeniem następcy - MAZDY 3 SERII BK (2003-2008 - obecnie model MAZDA 3 BL od roku 2009) seria ,,323" została poddana kolejnej modernizacji wręcz kosmetycznej. Zabieg ograniczył się z zewnątrz do zmiany wstawek w kloszu przednich reflektorów (zamiast tradycyjnych chromowanych odtąd pojawiły się ,,czarne - matowe wkłady- tylko wersje DYNAMIC, SPORTIVE, EXCLUSIVE. W wersji podstawowej COMFORT (1.4 , 1.6 i 2.0 DITD) ( na innych rynkach BASIC) dalej oferowane były przednie reflektory z chromowanym wkładem.

Ponadto wszystkie wersje ( podstawowe jak i lepiej wyposażone) w ramach tego liftingu (2002r.) zyskały nowe tylne światła stylizowane na wzór amerykańskiego odpowiednika - PROTEGE 5 (lata 1999-2003). Odtąd światła cofania , kierunkowskazów zyskały owalne kształty w obudowie zamiast dotychczasowych. Wnętrze zyskało nowe odcienie tapicerek szara siateczka + czarne obicia (wersje Dynamic, Exclusive). UWAGA !!! Tapicerka z tym materiałem jest podatna na uszkodzenia przeciera się , traci swój urok, można to zauważyć w ofertach sprzedaży tego modelu. W tych wersjach montowano seryjnie trójramienną kierownicę-skórzaną z logo Mazdy, białe tarcze zegarów z czerwonym podświetleniem, klimatyzację , komputer pokładowy, 4 poduszki powietrzne, abs, tcs, 4 elektryczne szyby, filtr kabinowy (który nie występuje w podstawowych wersjach modelu - COMFORT), system 2DIN -audio.

Wersja 2.0 Sportive w ramach lifitingu w 2002 roku poddana została podobnie jak cywilne modele modernizacji. moc silnika nie uległa zmianie.Pozostało nadal 131KM.

Analizując rynek używanych samochodów marki Mazda , a tym bardziej model ostatniej serii 323 BJ (1998-2003), można zauważyć iż większość ogłoszeń dotyczy modeli z silnikami diesla 2.0 DiTD (90 KM 1999-2000) i 2.0 DiTD (101 KM 2001-2003). Pozostałą cześć stanowią modele benzynowe 1.6 98KM (bogato wyposażone w klimatyzacje, alufelgi, światła przeciwmgielne, lakierowane klamki i lusterka w kolorze nadwozia, czy też pełna elektryka.
Rzadko spotykaną wersją jest model 323F 1.6 i 2.0 w wersji SPORTIVE (ze skórzaną trójramienną kierownicą NARDI i czarną tapicerką) Model 2.0 Sportive występuje wręcz w śladowej ilości 2-5 sztuk w popularnych portalach ogłoszeniowych. Może o tym świadczyć fakt, iż w momencie zakupu (lata 2001-2003) model ten kosztował w przeliczeniu na PLN - 82 tys. zł , czyli tyle ile obecnie kosztuje MAZDA 3 w wersji 2.0 151KM.