W 1999 roku Audi A4 przeszło drugi i tym razem dużo większy lifting. W aucie zmieniono zderzaki, listwy, klamki oraz zamontowano nowe, elipsoidalne reflektory z przezroczystymi kloszami z opcją ksenonów. Wewnątrz zastosowano nowe fotele oraz zmieniono konsolę środkową. Przeniesiono miejsca spryskiwaczy oraz w wersji z ksenonami, dodano dodatkowe w przednim zderzaku. Doszła opcja 10 poduszek powietrznych i nawigacji...